سازمان ساماندهی مشاغل شهری و فرآورده های کشاورزی شهردار اصفهان بر اساس مصوبه شورای انقلاب در بهمن ماه ۱۳۵۸ زیر نظر شهرداری اصفهان و تحت عنوان سازمان میادین میوه و تره بار و ساماندهی مشاغل شهری تشکیل شد اما اساسنامه سازمان در سال ۱۳۷۰ به تصویب وزارت کشور رسید. بر اساس ماده (۳) این اساسنامه، این سازمان ، سازمانی وابسته به شهرداری اصفهان است اما شخصیت حقوقی مستقل و استقلال مالی و اداری دارد و بر اساس اصول بازرگانی اداره می شود.
ارکان سازمان بر اساس ماده (۹) اساسنامه عبارت است از:
۱) شورای سازمان
۲) هیأت مدیره
۳) مدیر عامل
۴) بازرس (حسابرس)
شورای سازمان مرکب از پنج عضو به شرح زیر است:
۱- شهردار اصفهان به عنوان ریاست شورا
۲- معاون خدمات شهری اصفهان
۳- سه نفر کارشناس به پیشنهاد شهردار اصفهان و تأیید وزارت کشور
هیأت مدیره سازمان دارای سه عضو اصلی است:
۱- معاون خدمات شهری اصفهان که سمت ریاست هیأت مدیره را خواهد داشت
۲- دو نفر از بین کسانی که تحصیلات عالیه و تجربیات عملی مورد نیاز سازمان را دارا باشند (با پیشنهاد شهرداری اصفهان و تصویب شورای سازمان)
مدیر عامل سازمان
مدیر عامل بالاترین مقام اداری و اجرایی سازمان است که بر کلیه واحدهای تابعه سازمان سرپرستی و نظارت دارد و مسئول حسن اجرای امور و منافع سرمایه و اموال سازمان و اجرای مفاد اساسنامه و مصوبات شورای سازمان و هیأت مدیره است. مدیر عامل را هیأت مدیره از بین اعضای خود (به جز رئیس هیأت مدیره) انتخاب و به ریاست شورای سازمان معرفی می کند.
بازرس (حسابرس) یک شخص حقیقی یا حقوقی است که توسط شورای سازمان برای مدت یک سال انتخاب می شود. نظارت بر اجرای صحیح مقررات مربوطه، رسیدگی و اظهار نظر نسبت به ترازنامه و حساب و سود و زیان و بودجه از وظایف بازرس است. مدیر عامل و هر یک از اعضای هیأت مدیره و همچنین کلیه کارکنان سازمان موظفند هر نوع اسناد، مدارک و اطلاعات مورد نیاز بازرس را در اختیار وی قرار دهند.